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它经历了邮政部高级商船学校、吴淞商船学校、交通部吴淞商船学院、重庆商船学院、国立吴淞商船学院和上海航运学院等时期。1959年交通部成立上海海运学院，2004年经教育部批准更名为上海海事-2/上海海运学院。学校原为交通运输部直属高校，2000年划归上海市管理。2008年，上海市人民政府与交通运输部签订协议，共建上海海事-2/。

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1959年，交通部在上海成立了上海海运学院。2004年经教育部批准更名为上海海事-2/上海，为了更好地服务于上海国际航运中心建设和国家航运业发展，根据上海市高校布局结构调整方案，2008年，上海海事-2/将其主体迁至临港新城。2009年，学校举办了一系列百年纪念活动，航海技术(交通科学与技术四年制)本课程专业培养符合我国和世界相关行业标准，具备现代船舶驾驶和管理所必需的基本理论和知识，并能熟练运用专业知识和管理能力从事航运业务的高级航海技术人才。